1937年7月，日本發(fā)動了全面的侵華戰(zhàn)爭，噩運降臨中國，也同樣威脅到了“北京猿人”。1937年7月9日，即抗日戰(zhàn)爭爆發(fā)的第3天，周口店北京猿人遺址的考古發(fā)掘工作停止。日本人對北京猿人化石垂涎欲滴，但因其未進行投資，無緣身列參觀研究之列。為了預防北京猿人化石落人日本人之手，珍珠港事件前夕，在瑞典人類學家魏敦瑞的提議下，中國政府同意把北京猿人化石運到美國暫時保存。1941年l 1月 20日下午，協(xié)和醫(yī)院負責文物庫房管理的技師胡承志得到指示將化石秘密裝箱。北京猿人的4件頭蓋骨、10余件下頜了大木箱，并貼上了封條，運到美國大使館，準備隨美國海軍陸戰(zhàn)隊運往美國。正當享受美國海軍陸戰(zhàn)隊專門押運待遇的北京猿人化石“旅行”到秦皇島時，日本挑起了珍珠港事件。裝運北京猿人化石的美國海軍陸戰(zhàn)隊也受到日本人的跟蹤，匆忙之中撞上了暗礁，不久沉沒。一支直接受命于日本天皇指揮的特種部隊很快找到了美國海軍陸戰(zhàn)隊的專列、存放北京猿人化石的碼頭，但當木箱打開時，所有在場的人都驚呆了，箱子里面竟是空的，北京猿人化石不翼而飛了!
北京猿人化石究竟到哪里去了呢?“二戰(zhàn)”后人們就在搜尋，但迄今仍渺無蹤影．成為歷史上一宗大的謎案。概括起來，目前有五種說法：即私人得到說、美國得到說、日本得到說、中國藏起來說和海沉說。
私人得到說的人認為：協(xié)和醫(yī)院文物庫房保管技師胡承志是最后一個見到和接觸北京猿人化石的人，而在他交出本箱后就逃離了協(xié)和醫(yī)院地質研究所，胡承志的行跡讓人感到迷惑不解。有人發(fā)出疑問：胡承志在木箱中到底裝了些什么? 有人懷疑：胡承志根本就沒有給北京猿人化石打包裝箱，他只是將兩只空箱交給了瑞典古人類學家魏敦瑞的秘書息式白，自己將北京猿人化石藏了起來。另一個受到懷疑的就是這位息式白女士了，從接到本箱到交出本箱，中間約有兩個小時。有人懷疑：在此期間，息式自有充足的時間，轉移真箱．換上假箱，來了一個偷梁換柱。當然受到懷疑的人還很多，但都缺乏充足的證據(jù)。
認為北京猿人化石在美國的人認為：早在珍珠港事件爆發(fā)以前，美國已經(jīng)預感目本將把注意力對準協(xié)和醫(yī)院和地質研究所，于是便背著中國人，暗地里偷梁換柱，以復制品代替真品繼續(xù)放在地質研究所的保險柜里．而將真品偷偷地運往美國。還有人認為，北京猿人化石并未裝上哈里遜號郵船，美國早把化石轉手運走了。
認為北京猿人化石在日本的專家認為：北京猿人化石撤離協(xié)和醫(yī)院以后，按原計劃由美國海軍陸戰(zhàn)隊裝上哈里遜總統(tǒng)號運往美國，但哈里遜總統(tǒng)號卻被日軍繳獲了，化石也被截留，所以很可能至今還藏在日本。“二戰(zhàn)”后．美國曾在日本進行了廣泛的搜尋，但仍無收獲，我國考古學家李濟先生也曾先后五次到日本搜尋北京猿人化石，同樣是徒手而歸。
海沉說的人認為：北京猿人化石裝箱后運到秦皇島港，并 在此港運上了哈里遜號郵船，在赴美途中，因船遭難而一起沉沒在海底了。還有人進一步推測，這次沉沒海底后，被錠者找到，錠者也被日本人殺人滅口了．北京猿人化石由一艘日本駁船裝載直接開往橫濱。但駁船剛駛離秦皇島不遠，就遭遇了美國空軍的襲擊，化石隨駁船沉沒到了渤海灣附近海域。如果事實如此，則北京猿人從山洞中現(xiàn)身，又隱沒在了深不可測的海里了。
北京猿人化石失蹤之后，曾經(jīng)有許多人為尋找北京猿人化石的下落而四處奔波。在1972年．有一位名叫詹姆斯的美國商人懸賞5000美元給能提供北京猿人化石下落消息的人。當時紐約有位老太太聲稱其丈夫從中國帶回一箱化石，并索價50萬美元，但從她提供的實物照片看，它們并不是北京猿人化石。這些無價的北京人化石究竟在哪里，至今下落不明，從而成為一個讓人不解之謎。