89年初，滾石樂隊正式入圍搖滾名人堂，賈格爾與理查茲在各自發(fā)行了個人唱片之后重新聚在一起，推出了全新的專輯《Steel Wheels》，這張回歸之作在英國專輯榜獲得亞軍，美國專輯榜獲得季軍。隨后不久，滾石樂隊舉辦了一次名為“Steel Wheels/Urban Jungle”的大范圍巡演，到訪了北美、日本和歐洲多個國家，這是他們自1982年之后七年來的首次巡回演出。在這次巡演中，為滾石樂隊暖場的嘉賓包括Living Colour樂隊和槍炮美國樂隊(Guns N'Roses)。本次巡演的票房收入共計達到1億4千萬美元。1991年，樂隊發(fā)行現(xiàn)場專輯《Flashpoint》，記錄了本次巡演的盛況。與此同時，這次巡演也是貝斯手Bill Wyman跟隨滾石樂隊的最后一次演出，他在多年的深思熟慮之后終于決定離開滾石樂隊，雖然他在93年1月才正式公布這一消息。
九十年代到新世紀：
在Steel Wheels/Urban Jungle巡演成功之后，滾石樂隊暫時進入了休整期，在這期間，鼓手查理-沃茨發(fā)行了兩張爵士唱片，吉他手容尼-伍德也發(fā)行了自己的第五張個人大碟，這是他11年中的首張專輯。92年下半年，理查茲也發(fā)行了自己的第二張個人唱片《Main Offender》，并舉辦了一次小型的個人巡演。同時期，賈格爾也發(fā)行了第三張個人大碟《Wandering Spirit》，獲得英國榜第12名和美國榜第11名，首次實現(xiàn)了銷量和評價的雙贏。據(jù)統(tǒng)計，賈格爾這張專輯在全球總銷量超過了200萬張，在美國成為金唱片。
在Bill Wyman離隊之后，滾石樂隊的新東家Virgin公司再版了他們從《Sticky Fingers》到《Steel Wheels》的所有錄音室專輯。1993年，滾石樂隊開始準(zhǔn)備他們的下一張錄音室專輯，爵士小號大師Miles Davis樂隊的成員Darryl Jones成為了滾石樂隊的新成員。滾石1994年推出的《Voodoo Lounge》在英美兩國的專輯榜中分獲冠亞軍。這張唱片不僅在美國成為雙白金唱片，還被很多評論人評為“傳統(tǒng)主義者的聲音”。在95年的格萊美音樂節(jié)上，這張唱片最終拿到了“最佳搖滾專輯獎”。
從94年到95年，滾石舉辦了Voodoo Lounge巡演，這次巡演中滾石演唱的一些歌曲組成了后來的現(xiàn)場大碟《Stripped》，這張主要以原聲樂器為主的現(xiàn)場大碟在英國和美國排行榜中都獲得了第九名的成績。94年9月8日，滾石樂隊在94年MTV音樂錄影帶獎頒獎禮上演唱了《Love Is Strong》和《Start Me Up》，在這次音樂獎中，滾石樂隊被授予了終身成就獎。
滾石樂隊90年代最后一張唱片《Bridges to Babylon》在1997年面世，這張唱片在英國排行榜中獲得第六名，在美國榜獲得季軍。由于有安吉麗娜-朱莉(Angelina Jolie)客串加盟，單曲《Anybody Seen My Baby?》的音樂錄影帶成為MTV和VH1頻道的熱播MV。2001年末，賈格爾發(fā)行了第四張個人專輯《Goddess in the Doorway》，在排行榜中成績一般，排在第40名左右。在911恐怖襲擊之后，賈格爾和理查茲參加了“Concert for New York City”慈善演出，表演了《Salt of the Earth》和《Miss You》。
02年，滾石推出雙CD精選集《Forty Licks》，紀念成立40周年。在英國和美國專輯榜中，這張精選集均獲得了亞軍成績。童年，英國著名雜志Q將滾石選為“50支死前必看的樂隊”之一。2004年11月，滾石被選入英國音樂名人堂。
05年7月26日，在賈格爾生日這天，滾石樂隊宣布他們即將發(fā)行八年來的首張新專輯《A Bigger Bang》，這張唱片在9月面世之后得到了非常高的評價，在英國和美國榜分別獲得了亞軍和季軍的成績，單曲《Steets of Love》在英國和歐洲多國單曲榜中都進入前15名。從05年8月開始，為了宣傳新專輯，滾石開啟了“A Bigger Bang”巡演，這次巡演分別在北美、南美和亞洲舉辦了多場演出截止2005年年底，本次巡演已經(jīng)收入1億6200萬美元，打破了他們1994年北美巡演的收入紀錄。06年2月，滾石獻唱超級碗大賽中場秀，此后不久，他們又在里約熱內(nèi)盧的Copacabana海灘舉辦了一場免費的演出，大約有150萬樂迷到場觀看。